A pesquisa sobre a biodiversidade na Amazônia ainda é incipiente, com grandes lacunas em relação à falta de informações, à organização das informações disponíveis, à falta de infraestrutura adequada para coleta e armazenamento de material biológico e, principalmente, à quase total falta de recursos humanos qualificados para executarem estas ações. Grande parte das informações disponíveis, obtidas há muito tempo atrás, não foram coletadas com o intuito de resolver problemas específicos associados à bioprospecção, ao zoneamento ecológico/econômico ou ao uso dos recursos naturais por grupos tradicionais.
Na Amazônia, a maior parte do território ainda está sob cobertura vegetal natural ou semi-natural. Os pesquisadores atuantes nesta região trabalham com os mais diversificados táxons, e um dos grandes desafios é realizar a organização, registro e integração destas informações obtidas.
Uma das formas de se obter resultados integrados que serão utilizados desde o simples conhecimento da riqueza de espécies locais até subsídios para se realizar o zoneamento ecológico/econômico e bioprospecção sistemática é desenvolver sistemas integrados de coleta que atendam às necessidades dos mais diferentes tipos de pesquisadores. Por questões de escala e da ineficiência de duplicação de esforços, um projeto integrado é capaz de promover mais resultados em um espaço curto de tempo, a um custo de magnitude menor que o sistema atual de pesquisadores trabalhando independentemente.
Ainda assim, visto que a quantidade de trabalhos necessários pra região amazônica é imenso, o sistema integrado de amostragem pode não ser eficaz considerando a ínfima quantidade de pesquisadores qualificados na região. Isto, aliada à necessidade prática e moral de envolver as pessoas locais no processo da utilização da biodiversidade, requer a capacitação de técnicos em centros e comunidades regionais para participar na execução e aproveitamento dos estudos.