As trilhas do IPUMA foram abertas para fazer os levantamentos de fauna e flora de UCs estaduais sob influência da BR 319, para a elaboração dos planos de gestão dessas unidades. São trilhas únicas, de 5 km em 5 UCs diferentes: Trilha A na Reserva Extrativista Canutama, Trilha B na Floresta Estadual Canutama, Trilha C na Floresta Estadual Tapauá, Trilha D na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Igapó-Açu e Trilha E na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Rio Madeira.