O Parque Estadual do Cristalino está situado nos municípios de Alta Floresta e Novo Mundo, no extremo norte de Mato Grosso, entre o rio Teles Pires e a divisa com o Pará. A maior parte da sua área localiza-se no município de Novo Mundo, sendo que a porção do extremo oeste do Parque encontra-se no município de Alta Floresta. Ao norte, faz fronteira com a Base da Força Aérea Brasileira, no Estado do Pará, a qual abriga uma extensa área de vegetação nativa.