A maioria dos pesquisadores usa técnicas padronizadas de laboratório ou coleta e há muita discussão sobre qual padrão adotar. No entanto, novas e melhores técnicas são encontradas continuamente. É praticamente impossível, e não muito vantajoso, tentar restringir pesquisadores em relação a quais reagentes eles usam ou até mesmo qual tipo de armadilha eles adotam para capturar os organismos de seu interesse.
Esse não é um problema tão grande quanto parece, e freqüentemente é possível calibrar novos métodos que permitem comparações com dados coletados previamente. Entretanto, dados coletados em escalas geográficas diferentes geralmente não podem ser comparados (Urban 20053). Medidas de biodiversidade, como riqueza de espécies, composição de comunidades, variabilidade genética, mudança de biomassa e produtividade são todas fortemente dependentes de escala. Esse é o motivo porque é praticamente impossível utilizar os extensos bancos de dados que foram desenvolvidos nas últimas quatro décadas para embasar o manejo ou para o entendimento do que determina a distribuição da biodiversidade.
Os pesquisadores do PELD Sítio 1 e participantes das fases iniciais do desenvolvimento do PPBio discutiram exaustivamente as possibilidades, baseados em dados dos estudos financiados com recursos do PPG7 em savanas (Cintra 20024) e em estudos financiados pelo CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico) em florestas tropicais. O sistema de amostragem inicial na Reserva Florestal Adolpho Ducke (Reserva Ducke) cobriu 64 km2 e serviu para validar a metodologia. No entanto, essa área é grande demais para ser implementada em larga escala. Estudos feitos por Carlos Peres da Universidade de Anglia (UK) e seus colaboradores mostraram que transectos em linha reta de 5 km são o suficiente para levantamentos da maioria dos mamíferos de grande porte, e um sistema de amostragem cobrindo 25 km2 (5 Km x 5 Km) pode ser implementado a custo moderado.
Dentro desse sistema, as parcelas permanentes terrestres são espaçadas pela distância mínima de 1 km, fornecendo um número razoável de réplicas para estudos em um mesmo sítio (30-60). Variáveis topográficas geralmente não são autocorrelacionadas espacialmente para parcelas separadas por essa distância em florestas tropicais na Amazônia Central (Kinupp & Magnusson 20055, Magnusson et al. 20052).
O comprimento de 250 m de cada parcela contempla uma quantidade de organismos maiores, como árvores, adequado para análises de comunidades. Esse comprimento de parcela foi independentemente selecionado por Alwyn Gentry em seus estudos em florestas por todo o mundo e provou ser valioso para muitas análises (Phillips & Miller 20026). O desenho da parcela usado nos sítios do PPBio difere do de A. Gentry por não ser reto e seguir a curva de nível (cota altitudinal) para minimizar a variação edáfica dentro das parcelas. Magnusson et al. 20052 explicam essa lógica.
A grade (veja figura no final dessa página) de 25 km2 é adequada para estudos de populações da maioria dos organismos e é apropriada para estudos de hidrologia e hidroquímica em bacias hidrográficas, erosão, distribuição de organismos introduzidos, mudança de biomassa e outros processos em escala de paisagem importantes para pessoas envolvidas com o gerenciamento do uso da terra como o manejo florestal e o manejo de parques e reservas. Portanto, foi adotado com unidade básica para sítios PELD. Módulos menores (leia mais) são utilizados para avaliações rápidas, porém o arranjo espacial dentro dos módulos deve ser mantido para preservar a comparabilidade com sítios PELD e outros levantamentos. Esse desenho é congruente com a abordagem hierárquica recomendada por Lawson et al. 20057.
Muitos taxonomistas consideram levantamentos de campo uma forma de produzir listas de espécies. No entanto, listas de espécies são de uso muito limitado para planejamento do uso da terra, estabelecimento de cotas de extração, estimativas de valor de recursos ou outras atividades de interesse para a maioria dos usuários. Planejamento do uso da terra requer informação sobre complementaridade biótica entre sítios (Margules & Pressey 20008) e isso pode ser determinado em levantamentos completos (inventários) ou levantamentos cuidadosamente padronizados para relações geográficas entre módulos de amostragem. Levantamentos completos são financeiramente inviáveis para a maioria dos grupos taxonômicos (Magnusson et al. 20052, Ribeiro 19959). Assim, a amostragem padronizada permite a avaliação de ausências falsas (MacKenzie et al. 200310, Field & Possingham 200511, Huettmann 200512, MacKenzie 200526, Manley et al. 200527, Vojta 200528), e permite análises de dados utilizando métodos que são pouco afetados por ausências falsas (por exemplo Reyers et al. 200213), essencial para eficiência de levantamentos. A padronização é um pré-requisito para quantificar a incerteza, e a estimativa de ausências falsas é o primeiro passo para o manejo de paisagens para conservação sob incerteza (Burgman et al. 200514).
Os protocolos usados estão disponíveis nos metadados de cada sítio.