A Fazenda Três Lagoas localiza-se no município de Angatuba, sudoeste do estado de São Paulo, na bacia do Alto Paranapanema, tributário do Rio Paraná, que divide os estados de São Paulo e Paraná. A Fazenda tem cerca de 3.420 ha e ocupa uma área originalmente de transição entre cerrado e floresta semidecídua com elementos de cerradão.