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Formatação de dados (ex. camera trap) para modelos de ocupação
Pessoas que necessitam de assistência com análises de ocupação (aquelas que conseguem estimar a real ocorrência de uma espécies quando há erros de detecção), tanto para modelos single-species e multi-species, podem encontrar dificuldades durante a formatação de dados para estes modelos. Também é comum haverem erros de digitação em grandes planilhas (ex. nomes de localidades erradas) que precisam ser corrigidos. Essas tarefas podem ser demoradas e difíceis.
Para auxiliar nesse processo, uma planilha de exemplo no Google Drive foi criada para demonstrar a formatação de dados apropriada e auxiliar na detecção de erros na planilha. Além disso, foi desenvolvido um site usando Shiny para reorganizar os dados em vários formatos, incluindo aqueles necessários para executar análises usando o pacote "unmarked" no R. O site também preenche automaticamente zeros e NAs na planilha quando necessário, o que pode ser uma tarefa trabalhosa no R.
Em anexo estão três planilhas usadas como entrada no site (planilha de ocorrências, de covariáveis de detecção e de covariáveis de ocorrência) e um script que explica como usar os dados para executar análises de ocupação utilizando o pacote "unmarked" no R. Os dados também podem ser utilizados em modelos de ocupação multiespécie (ex. em nível de comunidade) e outros modelos Bayesianos de ocupação. Anexo
Em anexo estão três planilhas usadas como entrada no site (planilha de ocorrências, de covariáveis de detecção e de covariáveis de ocorrência) e um script que explica como usar os dados para executar análises de ocupação utilizando o pacote "unmarked" no R. Os dados também podem ser utilizados em modelos de ocupação multiespécie (ex. em nível de comunidade) e outros modelos Bayesianos de ocupação. Anexo
Também seguem algumas referências para aqueles que desejarem entender mais sobre modelos de ocupação:
MacKenzie, D.I., Nichols, J.D., Lachman, G.B., Droege, S., Andrew Royle, J. & Langtimm, C.A. (2002) Estimating site occupancy rates when detection probabilities are less than one. Ecology, 83, 2248–2255.
Iknayan, K.J., Tingley, M.W., Furnas, B.J. & Beissinger, S.R. (2014) Detecting diversity: emerging methods to estimate species diversity. Trends in Ecology & Evolution, 29, 97–106.
Mourguiart, B., Couturier, T., Braud, Y., Mansons, J., Combrisson, D. & Besnard, A. (2021) Multi-species occupancy models: an effective and flexible framework for studies of insect communities. Ecological Entomology, 46, 163–174.