No Ramal do Uga-Uga ocorrem algumas espécies de aves que são exclusivas do interflúvio Negro–Solimões, isto é, ocorrem apenas na região entre estes dois grandes rios, como o arapaçu-ocelado-do-norte (Xiphorhynchus beauperthuysii) e a mãe-da-taoca-bochechuda (Gymnopithys leucaspis). Também ocorrem na região espécies consideradas especialistas de campinas e campinaranas, ou seja, que sempre, ou quase, estão associadas a este tipo de ambiente, como o vissiácantor (Rhyitipterna immunda) e o pretinho (Xenopipo atronitens).
Dentre as espécies registradas, algumas como o urumutum (Nothocrax urumutum), o urutau-de-asabranca (Nyctibius leucopterus), a saripoca-de-bicocastanho (Selenidera nattereri) e o uirapuru-verdadeiro (Cyphorhinus arada), são consideradas raras ou de difícil detecção e, portanto, ainda necessitam de alguma ou melhores evidências na região, como fotos e gravações. Também foram registradas algumas espécies migratórias, vindas do hemisfério norte.
Além das capturas, outras espécies, ouvidas e observadas durante as campanhas de pesquisa, também foram registradas, totalizando assim 208 espécies para o Ramal do Uga-Uga, apresentadas na guia.